سلام. برای تغییر انکودینگ زیرنویس زیاد برنامه نوشته شده. اما این کار با استفاده از ادیتور پیشفرض و قدرتمند kde یعنی kate به راحتی قابل انجامه.
زیرنویس را با استفاده از آن باز کنید. باید نوشته‌ها رو خرچنگ و غورباقر مشاهده کنید. سپس از نوار ابزار مسیر زیر را دنبال کنید.
Tools > Encoding > Arabic > cp 1256
اکنون باید کرکترهای فارسی دیده شوند. در مرحله‌ی آخر نیز با کلیک روی Save As و انتخاب انکودینگ UTF-8 از منوی بازشونده‌ی پایین، فایل را replace کنید. تمام.

بدیهی است این روش برای هر ادیتور دیگری که از این انکدینگ پشتیبانی کند نیز صادق است.

منبع